{"id":4079,"date":"2015-06-17T11:00:15","date_gmt":"2015-06-17T14:00:15","guid":{"rendered":"https:\/\/www.viazap.com.br\/?p=4079"},"modified":"2015-06-17T11:00:15","modified_gmt":"2015-06-17T14:00:15","slug":"softwares-para-biologos-no-linux","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.clusterweb.com.br\/?p=4079","title":{"rendered":"SOFTWARES PARA BI\u00d3LOGOS NO LINUX"},"content":{"rendered":"<h1>SOFTWARES DIRETAMENTE RELACIONADOS \u00c0 PRODU\u00c7\u00c3O CIENT\u00cdFICA<\/h1>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div>A minha experi\u00eancia de uso no sistema <a href=\"http:\/\/www.vivaolinux.com.br\/linux\/\">GNU\/Linux<\/a> de softwares cient\u00edficos, n\u00e3o me deixou na m\u00e3o at\u00e9 agora! Poucos s\u00e3o os que n\u00e3o possuem vers\u00e3o *Nix e para esses, poucos os que n\u00e3o funcionam via wine!<\/p>\n<h1>ESTAT\u00cdSTICA COM R E RCOMDR<\/h1>\n<p>Odiado ou amado, R \u00e9 um pacote &#8220;cr\u00fa&#8221; de estat\u00edstica pura, em modo de linha de comando. O RCmdr torna as coisas mais palat\u00e1veis.<\/p>\n<p>Sim! Alguns n\u00e3o acreditam quando digo que o R possui uma interface amig\u00e1vel. Ali\u00e1s, uma n\u00e3o, v\u00e1rias, se procurar com carinho! =D<\/p>\n<p>R e Rcmdr s\u00e3o softwares livres que instalam atrav\u00e9s da &#8220;Central de Programas&#8221; ou (nos Debian-like) do comando m\u00e1gico:<\/p>\n<p><strong>$ sudo apt-get install r-base-core r-cran-rcmdr<\/strong><\/p>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/1_R-RCmdr.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_1_R-RCmdr.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/p>\n<p><!--more--><\/a><\/div>\n<h1>BIOESTAT\u00ae<\/h1>\n<p>Bem conhecido programa de estat\u00edstica pelos bi\u00f3logos que, por enquanto \u00e9 software propriet\u00e1rio. OK, \u00e9 um programa para Windows. Mas via Wine (v1.6.2), ao menos a vers\u00e3o 5.3 roda bonitinha aqui.<\/p>\n<p>Link para baixar:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/www.mamiraua.org.br\/cms\/content\/public\/documents\/BioEstat-5.3-Portugues.zip\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\">http:\/\/www.mamiraua.org.br\/cms\/content\/public\/documents\/BioEstat-5.3-Portugues.zip<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/2-BioEstat.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_2-BioEstat.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/a><\/div>\n<h1>PAST<\/h1>\n<p>Outro software de estat\u00edstica, tamb\u00e9m livre, mais voltado a Paleont\u00f3logos, por\u00e9m tamb\u00e9m sem vers\u00e3o GNU\/Linux. A vers\u00e3o 2.x (a minha aqui: 2.17) roda lisinha via Wine 1.6.2.<\/p>\n<p>A 3.0 j\u00e1 engasga um pouco, mas, como sempre a tend\u00eancia \u00e9 os desenvolvedores do Wine ir lapidando e o Past 3.0, futuramente ficar perfeito.<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/folk.uio.no\/ohammer\/past\/\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\">http:\/\/folk.uio.no\/ohammer\/past\/<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/6-Past.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_6-Past.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/a><\/div>\n<h1>ECOLOG<\/h1>\n<p>Um software livre multiplataforma (Linux\/Windows\/Mac) para an\u00e1lise de coletas de campo.<\/p>\n<p>Est\u00e1 na vers\u00e3o 5 e na arquitetura linux x86 (j\u00e1 que n\u00e3o apareceu vers\u00e3o 64 no sourceforge), funciona no meu x86_64 numa boa, com um pequeno bug: n\u00e3o criou corretamente o menu de execu\u00e7\u00e3o.<\/p>\n<p>Sobre isso \u00e9 simples: adicione na propriedade do executor, que ter\u00e1 comando como: &#8220;\/usr\/local\/ECOLOG\/ECOLOG&#8221;.<\/p>\n<p>Acrescente mais um ECOLOG, ficando assim: <strong>\/usr\/local\/ECOLOG\/ECOLOG\/ECOLOG<\/strong><\/p>\n<p>Pronto! Link:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/ecolog.sourceforge.net\/\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\">http:\/\/ecolog.sourceforge.net\/<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/3-ECOLOG.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_3-ECOLOG.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/a><\/div>\n<h1>QGIS<\/h1>\n<p>Aos bi\u00f3logos com necessidade de constru\u00e7\u00e3o de mapas (muito comum), esse software multiplataforma (Linux\/Windows) \u00e9 excelente, com possibilidade de aumentar ainda mais os recursos atrav\u00e9s de plugins.<\/p>\n<p>QGIS \u00e9 software livre que instala atrav\u00e9s da &#8220;Central de Programas&#8221; ou (nos Debian-like) do comando m\u00e1gico:<\/p>\n<p><strong>$ sudo apt-get install qgis<\/strong><\/p>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/5-QGIS.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_5-QGIS.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/a><\/div>\n<h1>TREEVIEWX<\/h1>\n<p>Construtor de \u00e1rvores filogen\u00e9ticas, semelhante \u00e0 fun\u00e7\u00e3o daquele treeview vers\u00e3o Windows.<\/p>\n<p>treeviewx \u00e9 software livre que instala atrav\u00e9s da &#8220;Central de Programas&#8221; ou (nos Debian-like) do comando m\u00e1gico:<\/p>\n<p><strong>$ sudo apt-get install treeviewx<\/strong><\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h1>SOFTWARES ADICIONAIS<\/h1>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div>L\u00f3gico que um bi\u00f3logo n\u00e3o vive s\u00f3 de softwares para biologia.<\/p>\n<h1>BIBUS<\/h1>\n<p>\u00c9 um pequeno programa para gest\u00e3o de refer\u00eancias bibliogr\u00e1ficas para <a href=\"http:\/\/www.vivaolinux.com.br\/linux\/\">Linux<\/a>. Gosto dele pela simplicidade, mas parece que deixou de ser desenvolvido (Bibus exporta, inclusive, para formato HTML e \u00e9 poss\u00edvel criar um estilo de acordo com ABNT (+ ou -).<\/p>\n<p>(zotero \u00e9 um plugin para Firefox com a mesma fun\u00e7\u00e3o, parece estar com o desenvolvimento a todo vapor, mas n\u00e3o me senti bem usando ele&#8230; ).<\/p>\n<p>Bibus \u00e9 software livre que instala atrav\u00e9s da &#8220;Central de Programas&#8221; ou (nos Debian-like) do comando m\u00e1gico:<\/p>\n<p><strong>$ sudo apt-get install bibus<\/strong><\/p>\n<div class=\"figura\"><a href=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/4-Bibus.png\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/img.vivaolinux.com.br\/imagens\/artigos\/comunidade\/thumb_4-Bibus.png\" alt=\"Linux: Softwares para Bi\u00f3logos no Linux\" width=\"500\" height=\"281\" border=\"0\" \/><\/a><\/div>\n<p>Para escrita de artigos cient\u00edficos, eu costumo usar LibreOffice. Infelizmente, n\u00e3o aprendi ainda a usar LaTex&#8230; mas, um dia&#8230; =)<\/p>\n<p>Edi\u00e7\u00e3o de imagens com GIMP &amp; LibreOffice Draw (montar pranchas no Draw \u00e9 moleza).<\/p>\n<p>VIm: tem coisas&#8230; que s\u00f3 VIm faz para voc\u00ea&#8230;;<\/p>\n<p>Ingl\u00eas \u00e9 uma constante para quem l\u00ea artigos cient\u00edficos, ent\u00e3o, quando meu vocabul\u00e1rio n\u00e3o d\u00e1 conta e estou sem acesso \u00e0 rede, uso GoldenDict com os dicion\u00e1rios do Babylon.<\/p>\n<p>Onde baixar os dicion\u00e1rios:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/store.babylon.com\/category\/1\/7\/1\/0\/7\/dictionary\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\">Editores Premier de Dicion\u00e1rios &amp; Enciclop\u00e9dias por Babylon<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>Preciso frequentemente manipular PDFs, e uso as mais diversas ferramentas para isso, conforme o n\u00edvel de pregui\u00e7a ou de necessidade: pdfjam, Pdf-shuffler, tesseract para OCR (reconhecimento \u00f3ptico de caracteres), todos instal\u00e1veis pelo nosso querido:<\/p>\n<p><strong># sudo apt-get install &#8230;<\/strong><\/p>\n<h1>FUN\u00c7\u00d5ESZZ<\/h1>\n<p>Fun\u00e7\u00f5eszz do Aur\u00e9lio Verde s\u00e3o uma m\u00e3o na roda em muitas circunst\u00e2ncias na vida acad\u00eamica, recomendo ter sempre instalado:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/funcoeszz.net\/\" target=\"_blank\" rel=\"nofollow\">http:\/\/funcoeszz.net\/<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>Exceto R, Ecolog e treeviewx, que apenas instalei, todos os outros j\u00e1 usei de forma mais intensa.<\/p>\n<h1>CONCLUS\u00c3O<\/h1>\n<p>Se voc\u00ea conhece algum software \u00fatil \u00e0 produ\u00e7\u00e3o cient\u00edfica na \u00e1rea de Biologia, que funcione a contento no Linux (e com isso n\u00e3o estou incluindo os softwares que servem para ensinar biologia, que acho que n\u00e3o entra no escopo do artigo), sinta-se livre para comentar e posteriormente acrescento aqui, com a devida autoria.<\/p>\n<p>Aos usu\u00e1rios de distros que n\u00e3o utilizam pacotes &#8220;.deb&#8221;, perd\u00e3o! N\u00e3o pude testar em outras arquiteturas, e s\u00f3 estou postando aqui o que eu testei pessoalmente.<\/p>\n<p>Adianto apenas que a instala\u00e7\u00e3o do ECOLOG ser\u00e1 id\u00eantica por ser bin\u00e1rio de instala\u00e7\u00e3o, e n\u00e3o &#8220;.deb&#8221;.<\/p><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>SOFTWARES DIRETAMENTE RELACIONADOS \u00c0 PRODU\u00c7\u00c3O CIENT\u00cdFICA &nbsp; A minha experi\u00eancia de uso no sistema GNU\/Linux de softwares cient\u00edficos, n\u00e3o me deixou na m\u00e3o at\u00e9 agora! Poucos s\u00e3o os que n\u00e3o possuem vers\u00e3o *Nix e para esses, poucos os que n\u00e3o funcionam via wine! 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