A minha experiência de uso no sistema GNU/Linux de softwares científicos, não me deixou na mão até agora! Poucos são os que não possuem versão *Nix e para esses, poucos os que não funcionam via wine!

ESTATÍSTICA COM R E RCOMDR

Odiado ou amado, R é um pacote “crú” de estatística pura, em modo de linha de comando. O RCmdr torna as coisas mais palatáveis.

Sim! Alguns não acreditam quando digo que o R possui uma interface amigável. Aliás, uma não, várias, se procurar com carinho! =D

R e Rcmdr são softwares livres que instalam através da “Central de Programas” ou (nos Debian-like) do comando mágico:

$ sudo apt-get install r-base-core r-cran-rcmdr

BIOESTAT®

Bem conhecido programa de estatística pelos biólogos que, por enquanto é software proprietário. OK, é um programa para Windows. Mas via Wine (v1.6.2), ao menos a versão 5.3 roda bonitinha aqui.

Link para baixar:

• http://www.mamiraua.org.br/cms/content/public/documents/BioEstat-5.3-Portugues.zip

PAST

Outro software de estatística, também livre, mais voltado a Paleontólogos, porém também sem versão GNU/Linux. A versão 2.x (a minha aqui: 2.17) roda lisinha via Wine 1.6.2.

A 3.0 já engasga um pouco, mas, como sempre a tendência é os desenvolvedores do Wine ir lapidando e o Past 3.0, futuramente ficar perfeito.

• http://folk.uio.no/ohammer/past/

ECOLOG

Um software livre multiplataforma (Linux/Windows/Mac) para análise de coletas de campo.

Está na versão 5 e na arquitetura linux x86 (já que não apareceu versão 64 no sourceforge), funciona no meu x86_64 numa boa, com um pequeno bug: não criou corretamente o menu de execução.

Sobre isso é simples: adicione na propriedade do executor, que terá comando como: “/usr/local/ECOLOG/ECOLOG”.

Acrescente mais um ECOLOG, ficando assim: /usr/local/ECOLOG/ECOLOG/ECOLOG

Pronto! Link:

• http://ecolog.sourceforge.net/

QGIS

Aos biólogos com necessidade de construção de mapas (muito comum), esse software multiplataforma (Linux/Windows) é excelente, com possibilidade de aumentar ainda mais os recursos através de plugins.

QGIS é software livre que instala através da “Central de Programas” ou (nos Debian-like) do comando mágico:

$ sudo apt-get install qgis

TREEVIEWX

Construtor de árvores filogenéticas, semelhante à função daquele treeview versão Windows.

treeviewx é software livre que instala através da “Central de Programas” ou (nos Debian-like) do comando mágico:

$ sudo apt-get install treeviewx

Lógico que um biólogo não vive só de softwares para biologia.

BIBUS

É um pequeno programa para gestão de referências bibliográficas para Linux. Gosto dele pela simplicidade, mas parece que deixou de ser desenvolvido (Bibus exporta, inclusive, para formato HTML e é possível criar um estilo de acordo com ABNT (+ ou -).

(zotero é um plugin para Firefox com a mesma função, parece estar com o desenvolvimento a todo vapor, mas não me senti bem usando ele… ).

Bibus é software livre que instala através da “Central de Programas” ou (nos Debian-like) do comando mágico:

$ sudo apt-get install bibus

Para escrita de artigos científicos, eu costumo usar LibreOffice. Infelizmente, não aprendi ainda a usar LaTex… mas, um dia… =)

Edição de imagens com GIMP & LibreOffice Draw (montar pranchas no Draw é moleza).

VIm: tem coisas… que só VIm faz para você…;

Inglês é uma constante para quem lê artigos científicos, então, quando meu vocabulário não dá conta e estou sem acesso à rede, uso GoldenDict com os dicionários do Babylon.

Onde baixar os dicionários:

• Editores Premier de Dicionários & Enciclopédias por Babylon

Preciso frequentemente manipular PDFs, e uso as mais diversas ferramentas para isso, conforme o nível de preguiça ou de necessidade: pdfjam, Pdf-shuffler, tesseract para OCR (reconhecimento óptico de caracteres), todos instaláveis pelo nosso querido:

# sudo apt-get install …

FUNÇÕESZZ

Funçõeszz do Aurélio Verde são uma mão na roda em muitas circunstâncias na vida acadêmica, recomendo ter sempre instalado:

• http://funcoeszz.net/

Exceto R, Ecolog e treeviewx, que apenas instalei, todos os outros já usei de forma mais intensa.

CONCLUSÃO

Se você conhece algum software útil à produção científica na área de Biologia, que funcione a contento no Linux (e com isso não estou incluindo os softwares que servem para ensinar biologia, que acho que não entra no escopo do artigo), sinta-se livre para comentar e posteriormente acrescento aqui, com a devida autoria.

Aos usuários de distros que não utilizam pacotes “.deb”, perdão! Não pude testar em outras arquiteturas, e só estou postando aqui o que eu testei pessoalmente.

Adianto apenas que a instalação do ECOLOG será idêntica por ser binário de instalação, e não “.deb”.